Kalkulačka molekulovej hmotnosti proteínov

Autor: Henrick Yau
- July 21, 2026
| |

Kalkulačka molekulovej hmotnosti proteínov

0
Platné

Molekulová hmotnosť proteínu sa vypočíta ako súčet priemerných izotopických hmotností jeho aminokyselinových zvyškov:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptid} \times MW_{H_2O}) \]

Kde:

  • \(n_i\) = Počet každej aminokyseliny v sekvencii
  • \(MW_i\) = Molekulová hmotnosť každej aminokyseliny
  • \(n_{peptid}\) = Celkový počet peptidových väzieb
  • \(MW_{H_2O}\) = Molekulová hmotnosť molekuly vody (18,02 Da)

Čo je kalkulačka molekulovej hmotnosti proteínu?

Kalkulačka molekulovej hmotnosti proteínu pomáha určiť molekulovú hmotnosť proteínu na základe jeho aminokyselinovej sekvencie alebo zloženia. Taktiež vypočítava ďalšie vlastnosti, ako je teoretický izoelektrický bod (pI), extinkčný koeficient, hydrofobicita (GRAVY skóre) a čistý náboj pri pH 7.

Ako používať kalkulačku

Kalkulačka ponúka viacero spôsobov zadávania údajov o proteíne:

  • Metóda sekvencie: Zadajte sekvenciu proteínu pomocou jednopísmenových kódov aminokyselín.
  • Metóda zloženia: Ručne zadajte počet každej aminokyseliny.
  • Rozšírené možnosti: Aplikujte modifikácie, ako je acetylácia, disulfidické väzby alebo terminálne modifikácie.

Kľúčové funkcie

  • Vypočítava molekulovú hmotnosť v Daltonoch (Da) aj kilodaltonoch (kDa).
  • Určuje teoretický pI na základe hodnôt pKa aminokyselín.
  • Vypočítava extinkčný koeficient pre UV absorpciu pri 280 nm.
  • Odhaduje hydrofobicitu pomocou GRAVY skóre.
  • Zohľadňuje vlastné modifikácie, ako je fosforylácia, metylácia a amidácia.

Prečo je molekulová hmotnosť proteínu dôležitá?

Znalosť molekulovej hmotnosti proteínu je kľúčová pre:

  • Elektroforetickú analýzu (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identifikáciu pomocou hmotnostnej spektrometrie.
  • Purifikáciu proteínov a chromatografiu.
  • Štrukturálne a funkčné štúdie.

Často kladené otázky

Ako sa vypočítava teoretický pI?

Izoelektrický bod (pI) je pH, pri ktorom proteín nemá čistý náboj. Vypočítava sa pomocou Hendersonovej-Hasselbalchovej rovnice:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Čo je extinkčný koeficient?

Extinkčný koeficient sa vypočítava pomocou počtu zvyškov tryptofánu (W), tyrozínu (Y) a cystínu (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Ako kalkulačka spracúva modifikácie?

Kalkulačka umožňuje aplikovať rôzne posttranslačné modifikácie, ktoré sa pripočítajú alebo odpočítajú od molekulovej hmotnosti proteínu.

Čo je GRAVY skóre?

Grand Average of Hydropathy (GRAVY) skóre je miera hydrofobicity proteínu. Vypočítava sa ako:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropatia_{AA} \times n_{AA})}{Celkový\ počet\ aminokyselín} \]

Prečo je molekula vody zahrnutá do výpočtu?

Každá tvorba peptidovej väzby vedie k strate jednej molekuly vody, preto sa celková hmotnosť upravuje.

Záver

Kalkulačka molekulovej hmotnosti proteínu je cenným nástrojom pre výskumníkov a študentov v biochémii a molekulárnej biológii. Či už analyzujete štruktúru proteínu, vykonávate experimenty alebo interpretujete výsledky, tento nástroj poskytuje základné molekulárne vlastnosti rýchlo a presne.